Kabuto Yakushi
Al inicio de la historia, es el brazo derecho de Orochimaru, o por lo menos así se da a entender aunque antes era un espía de Sasori que vigilaba a Orochimaru. Acabó por aliarse con él por considerar que prefería su visión de las cosas y sus objetivos. Es un ninja de gran inteligencia y amplia visión. Participa en el examen de chūnin para reunir información sobre los ninjas que se presentan y la guarda en una baraja de cartas cuyo contenido es controlado con su chakra, Kabuto deserta del examen chunin después de haber superado la primera parte del examen. Posee además un amplio conocimiento en el campo de la medicina ninja. (Como demostró curando a Hinata (el porqué es aun un misterio) de las heridas que obtuvo del combate con Neji). Este aspecto le da cierta ventaja a la hora de combatir.
Según Orochimaru, Kabuto tiene un nivel similar al de Kakashi Hatake, ya que logró poner contra las cuerdas a Tsunade, Shizune y Naruto que anteriormente confiaba en él ya que le ayudó en su examen al mismo tiempo utilizando el Bisturí de chakra para herir al enemigo, cortando ligamentos y músculos. También fue capaz de eliminar solo a un grupo de ANBU que custodiaban a Sasuke.
Participó levemente durante los sucesos del reencuentro de Sasuke y Naruto. Además, en el anime de la primera temporada, en el examen chūnin, se menciona que fue encontrado en el campo de batalla como único superviviente por el jefe del escuadrón médico, que lo adopto.
En la segunda parte, no pudo, aparentemente hacer nada por evitar la muerte de Orochimaru a manos de Sasuke Uchiha. Tras la marcha de éste, no se le volvió a ver. Sin embargo, en el capítulo 356 del manga, reapareció dando las gracias a Naruto por haberle hecho ver que podía sobrepasar a su maestro, el sannin. Tras regalarle un libro con información sobre Akatsuki, revela que insertó en su cuerpo los restos de Orochimaru, con la esperanza de volverse más fuerte. Estos al parecer se están apoderando de él gradualmente, ya que su ojo y brazo izquierdo se han puesto igual al de Orochimaru. Hinata Hyuga vio con su Byakugan dentro de él y se vio una pelea entre los dos chakras.
En la invasión de Pain y Konan a la Aldea de la Hoja, Yamato, Anko y Sai intentan encontrarlo, siendo rastreado por un Jutsu de Sai, aún no es conocido el motivo del porque lo están buscando. Danzou envia a los anbu a buscar a Kabuto para que le sane el ojo que tiene vendado y su brazo.
Parece ser que actualmente tiene algún objetivo en mente, y ya se dispone a ponerlo en practica, ya que maneja con facilidad los poderes de Orochimaru y parece estar físicamente consumido por los poderes del sannin, pero el sigue teniendo el total control del su cuerpo y su mente. Su objetivo es vengar la muerte de Orochimaru y hacerse más fuerte. Vuelve a salir de las sombras cuando asesina a 3 ninjas de la Aldea de la Cascada. Luego parece que logra encontrar la guarida de Madara, y después de una breve charla con este, le recrimina que es un traidor de Akatsuki, con lo que Madara le ataca, pero este logra impresionarlo con el Kuchiyose no Jutsu: Edo Tensei, con el que resucita a Nagato, Kakuzu, Deidara, Sasori e Itachi, los cinco miembros de Akatsuki asesinados. Despues de esto comenta que esta técnica solo la podían usar Orochimaru y su creador, el Nidaime Hokage, pero que el, siendo el tercero en aprenderla, a logrado superar a ambos (parece ser que porque no utiliza ningún sacrificio a cambio), y le dice que no ha venido a enfrentarlo, si no a unir fuerzas con el, que esto solo era una pequeña de demostración de cualidades para que lo acepte de su bando, trayéndole de vuelta a las importantes bajas de Akatsuki y completando el poder de antes. El confiesa que por toda la fuerza militar que le esta entregando, quiere a cambio a Sasuke Uchiha, a lo que Madara se niega, pero después de invocar a otro muerto (rikudou sennin), Madara se sorprende y acepta a cambio de se lo entregara cuando finalice la guerra. Parece que Kabuto quiere que encuentren la guarida de Madara, ya que ha ido dejando rastros para que los Jounnins de Konoha lo encuentren.
